Temel İslâm Bilimleri Bölümünün misyonu; İslâm ilim geleneğini klasik kaynakları esas alarak inceleyen, akademik araştırma yöntemlerine hâkim, etik değerlere bağlı, alanında uzman araştırmacılar yetiştirmektir. Bölüm; Arap Dili ve Belâgatı, Hadis, Fıkıh, Kelâm, Tasavvuf ve İslam Mezhepleri Tarihi gibi disiplinlerde bilimsel derinliği olan, eleştirel düşünebilen, metin analizinde yetkin ve disiplinler arası çalışmalara açık yüksek lisans ve doktora öğrencileri yetiştirmeyi amaçlar. Bu kapsamda klasik İslâm ilimlerinin dilleri olan Arapça ve Osmanlıca’nın ileri düzeyde kullanılmasını desteklerken, modern akademik çalışmalarda gerekli olan Batı dillerinin de etkin biçimde kullanılmasını teşvik eder.
Temel İslâm Bilimleri Bölümü, İslâm ilim geleneğinin akademik dünyada anlaşılması, yorumlanması ve geliştirilmesine öncülük eden; ürettiği araştırmalarla ulusal ve uluslararası düzeyde tanınan bir bilim merkezi olmayı hedefler. Bölüm, İslâm medeniyetine ait ilmî mirası günümüzün ihtiyaç ve sorunlarıyla ilişkilendirerek özgün bilimsel çalışmalar ortaya koyan; disiplinler arası etkileşimi, akademik kaliteyi ve evrensel bilim standartlarını esas alan bir vizyonu benimser. Bu doğrultuda amaç, Temel İslâm Bilimleri alanında düşünce üretimine yön veren, güçlü akademik kadrolar ve donanımlı araştırmacılar yetiştirerek alana sürdürülebilir katkı sağlamaktır.