Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’ne kayıt hakkı kazanan öğrenciler, öncelikle e-Devlet üzerinden üniversite kayıt işlemlerini tamamlar. Daha sonra dönem başında ders kayıtlarını yaparak eğitim-öğretim sürecine başlarlar. Öğrencilerin daha önce almış oldukları derslerin sayılması ve muafiyet talepleri, Hitit Üniversitesi Senatosu tarafından belirlenen “Ders Eşdeğerlik, Muafiyet ve İntibak İşlemleri Yönergesi” esas alınarak yürütülür.
Bölüm öğrencileri, gerekli koşulları sağladıkları takdirde başka üniversitelere yatay geçiş yapma hakkına sahiptir. Aynı şekilde, diğer üniversitelerde öğrenim gören öğrenciler de belirlenen şartları karşılayarak Hitit Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’ne yatay geçiş başvurusunda bulunabilirler. Yatay geçiş başvuruları, öğrencinin üniversiteye giriş puanı ya da mevcut akademik başarı ortalaması dikkate alınarak değerlendirilir. Kontenjan bilgileri her yarıyıl fakülte, bölüm ve üniversite internet sayfalarında ilan edilmektedir.
Yatay geçiş kontenjanları, ilgili Yönetim Kurulu’nun kararıyla belirlenir. Başvurusu kabul edilen öğrencilerin önceki programlarında aldıkları dersler, bölüm bünyesinde oluşturulan İntibak Komisyonu tarafından içerik ve kredi uyumluluğu açısından incelenir. Uygun bulunan dersler eşdeğer kabul edilir ve öğrenciler bu derslerden muaf sayılır. Eşleşmeyen dersler ise öğrencinin bölüm programı çerçevesinde yeniden alınır. Böylece öğrencilerin eğitim süreçlerinde kayıp yaşamamaları sağlanır.
Sağlık sorunları ya da özel durumları nedeniyle farklı bir yükseköğretim kurumunda eğitimlerine özel öğrenci olarak devam etmek isteyen öğrencilere de imkân tanınmaktadır. Aynı şekilde, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde de özel öğrenci statüsünde ders alınabilir. Bu statüde eğitim gören öğrenciler, danışman öğretim elemanlarının rehberliğinde ders seçimlerini yapar. Özel öğrencilik süresi tamamlandığında, alınan dersler öğrencinin kayıtlı olduğu üniversiteye aktarılır ve mezuniyet işlemlerinde geçerli sayılır.