17.03.2006 tarih ve 26111 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan “5467 Sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu, Yükseköğretim Kanunu, Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanunu, Telsiz Kanunu ile 78 ve 190 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun”un EK 66. Maddesi ile Hitit Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı olarak kurulan Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü 23 Ekim 2020 tarihli ve 31283 Sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 3119 Sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile kapatılarak Lisansüstü Eğitim Enstitüsü adı altında birleştirilmiştir.